Kim loại nặng ở dạng ion và vượt ngưỡng cho phép sẽ rất độc, ảnh hưởng đến sức khỏe con người. Trong hầu hết công trình nghiên cứu nước mặt cũng như trầm tích đáy thì hàm lượng Zn, Cu ở mức tương đối cao hơn so với các nguyên tố còn lại. Với 37 địa điểm lấy mẫu trong tháng 02 năm 2024 và sử dụng phương pháp phân tích phổ hấp thụ nguyên tử, kết quả cho thấy hàm lượng trung bình kẽm (Zn), đồng (Cu) tại khu vực Cửa Đại, Cửa Tiểu đều chưa vượt Quy chuẩn Việt Nam, khi so với Quy chuẩn Hoa Kì thì hàm lượng trung bình tại khu vực nghiên cứu chưa vượt, tuy nhiên ở rất nhiều địa điểm đã vượt, so với Quy chuẩn Liên Bang Nga thì hàm lượng trung bình tại khu vực nghiên cứu và ở hầu hết địa điểm đều vượt. Mức độ tích lũy Igeo của Zn dao động từ -0,90 đến 1,44 (không ô nhiễm đến ô nhiễm trung bình)
Cu dao động từ -3,11 đến 0,42 (không ô nhiễm đến có dấu hiệu ô nhiễm nhẹ). So với các vùng khác tại Việt Nam thì hàm lượng cùng với đó là mức độ tích lũy Zn tại khu vực nghiên cứu cao hơn (99,31 mg/kg và Igeo 0,65 so với sông Hồng 78,30 mg/kg và Igeo 0,31
sông Tô Lịch 81,27 mg/kg và Igeo 0,36), do đó nguy cơ đi vào hệ sinh thái khi người dân sử dụng trầm tích đáy bón trực tiếp vào cây trồng là rất lớn.