Cảng tổng hợp Bắc Vân Phong được xây ựng tại vị trí tương đối nhạy cảm: Gần khu nuôi trồng thủy sản, du lịch và quan trọng hơn là gần các vùng có phân bố san hô và thảm cỏ biển. Bài báo đề cập đến các tác động trong quá trình xây dựng và hoạt động của Cảng với hệ sinh thái vùng, từ đó đề xuất những giải pháp giảm thiểu, hỗ trợ quá trình ra quyết định đầu tư. Kết quả cho thấy, quá trình xây dựng Cảng tác động lớn nhất là hoạt động nạo vét có thể làm mất nơi cư trú cũng như hủy hoại nhiều động vật đáy
gia tăng độ đục và hàm lượng chất rắn lơ lửng. Quá trình hoạt động của Cảng cũng tác động xấu đến hệ sinh thái và môi trường biển do nước thải sinh hoạt nước mưa chảy tràn, nước dằn tàu, sự cố tràn dầu.