Trong giai đoạn khởi tố, điều tra vụ án hình sự, cơ quan điều tra và Viện kiểm sát tuy có chức năng, nhiệm vụ khác nhau nhưng có mối quan hệ tố tụng chặt chẽ với nhau. Đây là mối quan hệ quan trọng và cần được pháp luật tố tụng hình sự quy định rõ ràng, rành mạch để tránh chồng chéo, đồng thời bảo đảm sự phối hợp kiểm soát giữa các cơ quan trong thực hiện quyền tư pháp ở giai đoạn khởi tố, điều tra vụ án hình sự.