Kết quả nghiên cứu đã xác định hệ thực vật ở huyện Phù Linh, tỉnh Phú Thọ có 764 loài thuộc 510 chi 154 họ 6 ngành thực vật bậc cao có mạch, trong đó ngành Mộc lan đa dạng nhất với 725 loài, 481 chi và 128 họ
sau đó là ngành Dương xỉ có 28 loài, 20 chi và 17 họ, tiếp đến ngành Thông có 7 loài, 5 chi và 5 họ, ngành Thông đất có 2 loài, 2 chi và 2 họ, ngành Quyết lá thông và ngành Cỏ tháp bút cùng có 1 loài, 1 chi và 1 họ. Tổng số loài của 10 họ đa dạng nhất là 264 loài và 168 chi, trong đó họ Thầu dầu đa dạng nhất với 45 loài, 31 chi, . 11 chi có từ 5 loài trở lên với tổng số 70 loài, chiếm 9,16% tổng số loài
Ficus là chi đa dạng nhất có 10 loài. Hệ thực vật ở huyện Phù Ninh, tỉnh Phú Thọ có 7 nhóm tài nguyên, trong đó: nhóm cây làm thuốc có 610 loài, 426 chi, 137 họ
nhóm cây ăn được 211 loài, 139 chi, 78 họ
nhóm cây cho gỗ 107 loài, 85 chi, 43 họ
nhóm cây làm cảnh 66 loài, 55 chi, 38 họ
nhóm cây cho tinh dầu 46 loài, 30 chi, 15 họ
nhóm cây làm thức ăn gia súc 33 loài, 20 chi, 7 họ
nhóm cây cho dầu nhựa 13 loài, 12 chi, 10 họ.