Khu Bảo tồn Thiên nhiên Hang Kia - Pà Cò với diện tích 5.250,98 ha phần lớn rừng tự nhiên đã bị tác động ở các mức độ khác nhau, đặc trưng bởi kiểu rừng kín lá rộng thường xanh lá nhiệt đới núi thấp. Hệ thực vật trong Khu Bảo tồn Thiên nhiên khá đa dạng và phong phú với 880 loài thực vật lâm sản ngoài gỗ bậc cao, có mạch thuộc 498 chi của 153 họ đã được ghi nhận. Trong 71 loài thực vật ngoài lâm sản gỗ có giá trị bảo tồn ở Việt Nam và trên thế giới có 35 loài thực vật ngoài lâm sản gỗ thuộc nhóm sẽ nguy cấp và nguy cấp và rất nguy cấp được ghi nhận trong sách Đỏ Việt Nam năm 2007, 16 loài thực vật ngoài lâm sản gỗ có nhóm nguy cấp, quý hiếm quy định trong Nghị định số 32/2006/NĐ-CP của Chính phủ, 12 loài trong Danh lục đỏ IUCN năm 2017. Ở mỗi kiểu phụ rừng trong Khu Bảo tồn Thiên nhiên có một số loài thực vật ngoài lâm sản gỗ quý hiếm đặc trưng. Do đó, tùy thuộc vào từng giai đoạn, mục đích và đối tượng của việc bảo tồn mà xác định các giải pháp bảo tồn cho từng đối tượng trong Khu Bảo tồn Thiên nhiên Hang Kia - Pà Cò một cách hợp lý và hiệu quả. Đây là cơ sở khoa học quan trọng cho công tác bảo tồn và phát triển ở Khu Bảo tồn Thiên nhiên Hang Kia- Pà Cò.