Phát triển kỹ thuật multiplex PCR (mPCR) có thể phát hiện cả trình tự DNA plasmid và trình tự gen omp1 của Chlamydia trachomatis nhằm khắc phục được hiện tượng âm tính giả. Từ 7 cặp mồi được thiết kế dựa trên trình tự gen omp1 và plasmid của Chlamydia trachomatis, hai cặp mồi CTM-F1R1 và CTP-F1R2 đã được lựa chọn để sử dụng trong kỹ thuật mPCR phát hiện đồng thời các trình tự đặc hiệu trên DNA lasmid (434 bp) và trên gen omp1 (153 bp). Kết quả đã phát hiện Chlamydia trachomatis trong các mẫu bệnh phẩm nếu có 5 bản sao (hoặc hơn) của gen omp1 và/hoặc 5 bản sao (hoặc hơn) của plasmid. Kỹ thuật mPCR có độ nhạy, độ đặc hiệu, giá trị tiên đoán dương, giá trị tiên đoán âm đều là 100%. Ngoài ra, kỹ thuật mPCR còn có thể loại trừ kết quả âm tính giả trong trường hợp chủng Chlamydia trachomatis không có plasmid.