Marine environment is rich in natural product resources, including marine microorganisms, especially fungi which are not only seen as a potential source of highly applicable bioactive substances but also can provide for science new chemical structures. The objective of this study is to isolate and screen fungal strains with antibacterial activity from the marine environment. Twenty five strains of fungi were isolated from marine sediments of Thanh Lan, Co To island and assessed on antibiotic activity against 7 tested microbial strains, including three Gram-negative bacteria (Escherichia coli ATCC25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC27853, Salmonella enterica ATCC13076), three Gram-positive bacteria (Enterococcus faecalis ATCC29212, Stapphylococus aureus ATCC25923, Bacillus cereus ATCC 13245), and the yeast Candida albicans ATCC10231. The minimum inhibitory concentration (MIC) against the tested microorganisms was determined for the crude extracts obtained from the culture broths after ethyl acetate extraction and vacuum rotary evaporation. Three strains with the highest antimicrobial activity M26, M30 and M45 were capable of inhibiting 4 - 5 of the 7 tested microorganisms with MIC values from 64 to 256 μg/ml, depending on each tested strain. Morphological and phylogenetic investigations based on 18S rRNA gene sequences of the three selected strains showed that strains M26 and M30 belonged to the genus Penicillium, whereas strain M45 belonged to the genus Neurospora. The sequences of 18S rRNA gene of three strains M26, M30 and M45 were registered on GenBank database with accession numbers: MH673730, MH673731, MH673732, respectively. Research results showed that marine environment has a great potential in isolation of fungal strains for the search for antibacterial substances as well as other biologically active compoundsMôi trường biển là nguồn cung cấp các sản phẩm tự nhiên vô cùng phong phú, trong đó các vi sinh vật biển, đặc biệt là vi nấm, được đánh giá là nguồn tiềm năng chứa các hoạt chất sinh học có giá trị ứng dụng cao, đồng thời có thể cung cấp cho khoa học các cấu trúc hóa học mới. Mục tiêu của nghiên cứu này là phân lập và sàng lọc các chủng nấm có hoạt tính kháng khuẩn từ môi trường biển. Hai mươi lăm chủng nấm đã được phân lập từ trầm tích biển đảo Cô Tô - Thanh Lân và được đánh giá hoạt tính kháng khuẩn đối với 7 chủng vi sinh vật kiểm định, gồm ba chủng vi khuẩn Gram âm (E. coli ATCC25922, P. aeruginosa ATCC27853, S. enterica ATCC13076), ba chủng Gram dương (E. faecalis ATCC29212, S. aureus ATCC25923, B. cereus ATCC 13245), và nấm men C. albicans ATCC10231. Nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) đối với các chủng kiểm định được xác định cho các mẫu chất chiết xuất thô thu được từ dịch nuôi cấy tế bào sau khi tách chiết bằng ethyl acetate và làm bay hơi dung môi bằng cô quay chân không. Ba chủng có hoạt tính kháng khuẩn cao nhất là M26, M30 và M45 có khả năng ức chế 4 đến 5 trong số 7 chủng vi sinh vật kiểm định với các giá trị MIC từ 64 đến 256 μg/ml phụ thuộc vào từng chủng kiểm định, bao gồm cả C. albicans. So sánh đặc điểm hình thái và trình tự của gen 18S rRNA cho phép xếp hai chủng M26 và M30 vào chi Penicillium, và chủng M45 vào chi Neurospora. Các trình tự 18S rRNA của ba chủng M26, M30 và M45 đã được đăng ký trên GenBank với mã số tương ứng là MH673730, MH673731, MH673732. Kết quả nghiên cứu cho thấy môi trường biển có tiềm năng lớn để phân lập các chủng vi nấm cho mục đích tìm kiếm các chất kháng khuẩn cũng như các hoạt chất sinh học khác.