Giải trình tự toàn bộ hệ gen và lắp ráp De novo chủng Coronavirus mới 2019 (SARS-CoV-2) phân lập ở Việt Nam

0 Người đánh giá. Xếp hạng trung bình 0

Tác giả: Minh Thắng Cao, Hoàng Hà Chu, Thị Thương Hồ, Hà Hoàng, Thị Kim Loan Huỳnh, .TLâm Lê, Chấn Quang Lương, Thủy Tiên Lưu, Hồng Trang Nguyễn, Thị Ngọc Thảo Nguyễn, Vủ Thượng Nguyễn, Nguyễn.T.Hiếu, .DQuang Phạm, .TLân Phan, Huyền Linh Trần, Nam Hải Trương

Ngôn ngữ: vie

Ký hiệu phân loại: 362.1962414 Physical illness

Thông tin xuất bản: Tạp chí Công nghệ Sinh học - Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam, 2020

Mô tả vật lý: 197-208

Bộ sưu tập: Metadata

ID: 493759

Thêm vào giỏ

Tóm tắt
Chủ đề

Đại dịch COVID-19 do virus động vật SARS-CoV-2 đã gây ra thảm họa với nhiểu quốc gia trên toàn thế giới, làm lây nhiễm hơn 4,5 triệu người và hơn 300.000 người tử vong. Giải trình tự toàn bộ hệ gen (Whole genome sequencing-WGS) là một công cụ hiệu quả để theo dõi các chủng mới xuất hiện, cung cấp các thông tin cần thiết trong việc can thiệp và kiểm soát ổ dịch. Trong công trình này, chúng tôi trình bày các kết quả đầu tiên về giải trình tự và lắp ráp de novo toàn bộ hệ gen của virus SARS-CoV-2 bằng công nghệ giải trình tự đơn phân tử theo thời gian thực của hệ thiết bị PacBio (PacBio Single Molecule-Real Time sequencing technology) tại Việt Nam. Chúng tôi cũng trình bày kết quả chú giải gen và phân tích về các biến thể gen trong chủng SARS-CoV-2 được phân lập từ một bệnh nhân Việt Nam. Quá trình giải trình tự và lắp ráp de novo hệ gen được tiến hành trong khoảng 30 giờ. Kết quả thu được là một trình tự nucleotide (contig) dài 29.766 bp và không chứa các khoảng trống bên trong (gaps). Tất cả các biến thể được phát hiện trong hệ gen của chủng nghiên cứu khi so sánh với trình tự tham chiếu của NCBI đều được khẳng định bởi kết quả giải trình tự Sanger. Kết quả nghiên cứu cho thấy tiềm năng của phương pháp giải trình tự đoạn dài trong việc cung cấp dữ liệu WGS chất lượng cao nhằm hỗ trợ các biện pháp về sức khỏe cộng đồng và thông tin về hệ gen của virus gây đại dịch lần này, cũng như virus gây các bệnh dịch khác trong tương lai.

Tạo bộ sưu tập với mã QR