Cửa sông Cửu Long có giá trị lớn về đa dạng sinh học, tài nguyên sinh vật, đặc biệt là các quần xã sinh vật nổi và sinh vật đáy trong hệ sinh thái. Vùng nghiên cứu thuộc 4 tỉnh Tiền Giang, Trà Vinh, Bến Tre, Sóc Trăng thuộc hạ lưu sông Mê Kông. Kết quả đánh giá giá trị đa dạng sinh học Shannon-Wiener và chỉ số Berger - Parke của 3 quần xã thủy sinh vật chính trong khu vực là thực vật nổi, động vật nổi, động vật đáy cho thấy tính đa dạng sinh học đều ở mức thấp cả về thành phần loài cũng như các giá trị đa dạng sinh học. Đáng lưu tâm hơn là các quần xã động vật đáy đang ở mức bị đe dọa cao nhất về nguy cơ suy giảm và mất đi giá trị đa dạng sinh học mà nguyên nhân chủ yếu là do các hoạt động kinh tế xã hội, các hoạt động xây dựng đập thủy điện trên dòng sông tới các hoạt động trong lĩnh vực công nghiệp, nông nghiệp khiến cho môi trường nơi đây, nhất là môi trường trầm tích bị tác động mạnh. Nghiên cứu đã đưa ra một số giải pháp nhằm giảm thiểu sự suy giảm nhanh chóng đa dạng sinh học của khu vực bằng các biện pháp cụ thể từ nhiều hướng: quản lý, giáo dục, tuyên truyền, bảo tồn, ngăn chặn những tác nhân nêu trên ảnh hưởng tới chất lượng hệ sinh thái trong khu vực.The Mekong River mouths have a significance of biodiversity and biological resources, especially for the floating and benthic communities in the ecosystem. The study area belongs to 4 provinces in the lower Mekong River: Tien Giang, Tra Vinh, Ben Tre, and Soc Trang. The results of Shannon-Wiener biodiversity value assessment and Berger - Parke index of 3 major aquatic communities in the area including phytoplankton, zooplankton and benthic showed that biodiversity was at low levels in terms of species composition as well as biodiversity values. More noteworthy is that the benthic animal communities were at the highest level of risk of loss and biodiversity value loss, mainly due to socio-economic activities, dam construction activities, the industrial and agricultural activities that have made the environment here, especially the sediment environment, strongly affected. The study has proposed a number of solutions to minimize the rapid decline of biodiversity of the region by specific measures from many directions: management, education, propaganda, conservation, and prevention of the factors affecting the quality of ecosystem in the region.