Chó H'mông cộc đuôi là giống chó bản địa, phân bố ở vùng núi phía Bắc Việt Nam, sở hữu nhiều đặc tính quý như thông minh, nhanh nhẹn, có thể lực tốt, khả năng thích nghi với điều kiện môi trường tốt, thân thiện với con người và đặc biệt chúng có khả năng thực hiện nghiệp vụ. Nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền của giống chó H'mông cộc đuôi trên cơ sở giải trình tự nucleotide vùng siêu biến thứ nhất (HV1) trong vùng D-loop thuộc hệ gen ty thể của 45 mẫu thu ngẫu nhiên tại hai tỉnh Hà Giang và Lào Cai cho thấy chó H'mông cộc đuôi có mức độ đa dạng di truyền cao: Chỉ số đa dạng nucleotide (Pi = 0,00801), đa dạng haplotype (Hd = 0,96162) và số nucleotide khác biệt trung bình (Kt = 5,18384). Chó H'mông cộc đuôi đã được xác định mang 25 haplotype khác nhau thuộc nhóm haplotype (A, B, C và E). Trong đó, có 7 haplotype mới (An1 đến An7) thuộc nhóm haplotype A chưa được công bố và 18 haplotype còn lại đã được ghi nhận trước đây ở các giống chó trên thế giới. Hơn nữa, chó H'mông cộc đuôi còn mang các haplotype dạng cổ như B1, C2, E1 và E4. Đặc biệt, không có cá thể nào mang haplotype dạng D và F. Chó H'mông cộc đuôi có 38 vị trí nucleotide đa hình, gồm 32 vị trí có các đột biến thay thế nucleotide và 6 vị trí có đột biến mất hay thêm nucleotide. Hầu hết các đột biến thay thế là đồng hoán (31/32), chỉ có 1 vị trí nucleotide có dị hoán. Phân tích phát sinh chủng loài cho thấy chó H'mông cộc đuôi có quan hệ rất gần gũi với chó nguồn gốc từ khu vực Đông Á (Trung Quốc, Nhật Bản và Hàn Quốc).