Địa khối Kon Tum có các đá biến chất nhiệt độ siêu cao (1050oC, áp suất 12 Kbar) gồm: Gneis granat-orthopyroxen silimanit, orthopyroxen-thạch anh (loạt Kan Nack, loạt Ngọc Linh). Hoạt động biến chất xảy ra vào khoảng 260-245 tr.n -tương ứng Permi-Trias, trùng với thời gian và đặc điểm biến chất ở ranh giới va chạm giữa hai khối lục địa Bắc và Nam Trung Hoa. Giả định rằng địa khối Kon Tum là ranh giới va chạm giữa địa khu Đông Dương với lục địa Nam Trung Hoa.