Một trong những khó khăn hiện nay tại Thừa Thiên-Huế là vấn đề nhiễm sốt rét ngoại lai do giao lưu, đi lại ở vùng biên giới giáp ranh với nước CHDCND Lào và tuyến đường Hồ Chí Minh thông thương nối vùng sốt rét lưu hành tỉnh Quảng Trị và Quảng Nam. Để chủ động tổ chức công tác phòng chống sốt rét, địa phương đã xây dựng biện pháp quản lý nhằm tác động biện pháp can thiệp phòng bệnh cũng như chống bệnh cho các đối tượng nguy cơ. Bước đầu mang lại hiệu quả tốt, đã khống chế số mắc sốt rét, tử vong và nguy cơ dịch từ sốt rét ngoại lai. Biện pháp quản lý sốt rét vùng biên giới và tuyến đường Hồ Chí Minh cần được duy trì, nâng cao hiệu quả trong thời gian sắp tới để chặn đứng thảm họa sốt rét quay trở lại từ mầm bệnh ngoại lai.