Phân tích những tồn tại của chính sách quản lý giá tính thuế nhập khẩu Việt Nam trong giai đoạn hiện nay, giai đoạn hội nhập kinh tế quốc tế và từng bước tham gia vào các tổ chức Thương mại quốc tế, những tồn tại đó là: thiếu tính đồng bộ giữa các văn bản quy định về quản lý giá tính thuế nhập khẩu
chưa tuân thủ một cách chặt chẽ nội dung của Hiệp định thương mại quốc tế.. Bên cạnh tồn tại này còn có cả vấn đề về Nghị định của Chính phủ và Thông tư của Bộ Tài chính còn thiếu quy định về việc dẫn chiếu Hiệp định. Với việc ban hành Nghị định 60/2002/NĐ-CP ngày 06/6/2002 của Chính phủ, hệ thống chính sách quản lý giá tính thuế của Việt Nam đã bước đầu tiếp cận với phương pháp tính thuế rất mới mẻ đó là Hiệp định trị giá GATT. Tuy nhiên còn rất nhiều điểm chưa đồng bộ, điều này đòi hỏi phải tìm ra những giải pháp khắc phục để chính sách này ngày càng hoàn thiện hơn.