Hai đứt gãy chính của khu vực là Sông đà (TB-ĐN) và Than Uyên (á kinh tuyến). Sông Đà bắt đầu hoạt động vào Paleozoi muộn, mặt trượt cắm ĐB (70-80o) hiện đang hoạt động dẫn tới xuất lộ các điểm nước khoáng, nước nóng, động đất. Than Uyên bắt đầu hoạt động vào Jura muộn, có mặt trượt thẳng đứng về phía Đông, hiện đang hoạt động gây trượt lở đất. Cả hai đứt gãy có hai pha hoạt động tân kiến tạo là Êocn-Miocen và Pliocen-Đệ tứ.