Mỏ đa kim Núi Pháo là một mỏ đa kim, skarn, nằm trong hệ tầng trầm tích Phú Ngữ (Ocdovic-Silua) liên quan với granit hai mica Pia Oắc (Creta muộn). Khu vực Núi Pháo chịu hai pha uốn nếp và một pha biến dạng giòn. Quặng hoá hình thành sau hai pha đầu song hình thái, cấu trúc, phân bố thân quặng chịu ảnh hưởng bởi cấu trúc của khu vực.