Để đẩy nhanh cải cách hành chính trong hai ngành thuế và hải quan, Bộ Tài chính đã có sự chỉ đạo sát sao, đặc biệt là trong 2 ngành này. Hoạt động cải cách được tiến hành đồng bộ, phát triển sâu rộng ở cả 4 nội dung: cải cách thể chế, cải cách bộ máy xây dựng, xây dựng đội ngũ công chức, và cải cách tài chính công. Thủ trưởng các cấp của 2 ngành cần nâng cao trách nhiệm với Nhà nước và nhân dân (trách nhiệm chính trị, trách nhiệm hành chính, kinh tế và trách nhiệm phục vụ nhân dân).