Động vật đáy đóng vai trò quan trọng trong hầu hết các hệ sinh thái biển như hệ sinh thái vùng triều, rạn san hô, rừng ngập mặn, cỏ biển,... Kết quả nghiên cứu chỉ ra rằng thảm cỏ biển là nơi cư trú và sinh sản của nhiều loài động vật đáy có ý nghĩa kinh tế cao. Tuy nhiên cần quan tâm đến mối quan hệ về dinh dưỡng giữa cỏ biển với động vật đáy, giữa thảm cỏ biển với các con non.