Hồ Hoà Bình có đến 123 loài thuỷ sản, thuộc 79 giống, 19 họ. Năm 1993 sản lượng khai thác cá là 1.740 tấn, năm 2001 chỉ là 450-500 tấn. Nuôi cá lồng trên hồ là hình thức phát triển thuỷ sản mới: từ 2002 tăng 10-20 tấn cá giống cho lòng hồ.