Hệ cá Sông Hồng có chừng 261 loài thuộc 54 họ, hệ cá cửa sông có 233 loại thuộc 71 họ, nhiều loại cá nuôi có giá trị kinh tế cao như cá trích, lầm, bẹ, sơn, lẹp vàng, mòi, cháy, khoai, đối, mụ, tráp. Sản lượng khai thác tự nhiên trong khoảng 11.537 đến 11.445 tấn (2001-2003), sản lượng nuôi trồng: 55.179 - 79.794 tấn (2001-2003). Sản lượng của một số loài cá bị suy giảm do khai thác và do các tác động khác của con người. một số loài có nguy cơ bị tuyệt chủng. Các giả pháp đề ra là quản lý chặt chẽ các hoạt động khai thác, điều tra tổng hợp nguồn lợi 5 năm/lần, xây dựng mạng truyền thông, phổ biến luật Thuỷ sản, đào tạo nhân lực quản lý.