Nguyên nhân làm cho nước thải mỏ có độ axit cao và tăng hàm lượng kim loại nặng như Fe,Mn, và ion SO4 cao là do sự phân huỷ của vi khuẩn hiếu khí và oxy hoá đối với pyrit và lưu huỳnh. Giảm thiểu tác hại của nước thải mỏ bằng biện pháp hạn chế nước chảy vào khu mỏ, giảm hoạt động của vi khẩn, xử lý nước thải trước khi thoát vào lưu vực chứa. Cần đánh giá nước và khả năng axit hoá ở khu vực chuẩn bị khai thác mới để dự báo, phòng ngừa.