Những biến đổi của lòng dẫn sông Hồng tại khu vực Hà Nội đã tạo ra một số hồ chứa nước. Hồ Hoàn Kiếm, hồ Tây và một số hồ khác ở Hà nội được hình thành do hoạt động đứt gãy kiến tạo sông Hồng, do quá trình thay đổi hướng dòng chảy. Nghiên cứu chủ yếu ở hồ Hoàn Kiếm trong khoảng thời gian 1998-1999 được tập trung vào 3 vấn đề nước hồ, đa dạng sinh học và vi tảo.