Các bệnh tôm sú thường xảy ra trong các ao nuôi ở phá Tam Giang, Thừa Thiên-Huế: bệnh đỏ thân, bệnh đen mang, bệnh đốm trắng, bệnh mòn vỏ, bệnh do nấm, bệnh do nguyên sinh động vật bám, bệnh do tảo bám và bệnh nổi đầu ban đêm do thiếu ôxy hoà tan. Tác nhân gây bệnh do virut gây bệnh, nấm gây bệnh và tảo gây bệnh. Để hạn chế bệnh tôm cần tăng cường sức khoẻ đàn tôm giống
hạn chế sự phát triển của các tác nhân gây bệnh
quản lý tốt môi trường ao nuôi và quy trình kỹ thuật nuôi tôm.