Danh lục thực vật của Vườn quốc gia (VQG) Hoàng Liên gồm 2432 loài thuộc 898 chi, 209 họ thuộc 6 ngành. Phát hiện được một số taxon mới được ghi nhận cho hệ thực vật Việt Nam: họ Tứ trụ, họ Lạc di, họ Mao lương, họ Kim ngân. Kiểm kê được 1053 loài cây có ích, chiếm 43,3% tổng số loài thực vật của toàn vùng. Xác định được vùng phân bố của tổng số 2174 loài trên tổng số 2432 loài của hệ thực vật Hoàng Liên, chiếm 89,4% số loài của hệ.