Để xây dựng kế hoạch phòng chống SR đúng với thực trạng, tỉnh Thừa Thiên-Huế đã tiến hành dịch tễ sốt rét và can thiệp theo chỉ đạo của Viện SR-KST-CT trung ương. Năm 2003-2004, Tỉnh đã tổ chức phân vùng, năm 2004-2005 tiến hành điều chỉnh cho phù hợp với thực tế. Hiện nay có 153 thôn thuộc 23 xã có sốt rét lưu hành nặng, 112 thôn thuộc 17 xã sốt rét lưu hành vừa, 36 thôn thuộc 6 xã thuộc loại có nguy cơ sốt rét quay trở lại lưu hành, 932 thôn thuộc 95 xã không có sốt rét.