Hoạt động thanh tra, kiểm tra ngành Hải quan đã góp phần đấu tranh chống tiêu cực, bước đầu đã có đóng góp nhất định trong việc xây dựng ngành Hải quan trong sạch, vững mạnh. Hoạt động thanh tra, kiểm tra đã phát hiện nhiều mâu thuẫn, sơ hở, chồng chéo trong các văn bản quy phạm pháp luật để kiến nghị cho phù hợp. Tuy nhiên công tác kiểm tra, thanh tra ngành Hải quan vẫn còn nhiều tồn tại, bất cập, có lúc, có nơi nhiều việc làm sai trái vẫn chưa được phát hiện kịp thời. Để công tác này phát huy được hiệu quả, ngành Hải quan cần đặt công tác tự kiểm tra lên hàng đầu
nâng cao vai trò, trách nhiệm của thủ trưởng đơn vị các cấp
sớm xây dựng quy chế thanh tra, kiểm tra ngành Hải quan.