Viện Khoa học Địa chất và Khoáng sản đã chủ trì và tham gia nhiều chương trình KH&CN trọng điểm, với hơn 300 nhiệm vụ cấp Nhà nước và cấp ngành, góp phần quan trọng trong việc làm sáng tỏ lịch sử hình thành và tiến hóa địa chất lãnh thổ, hoạch định phương hướng điều tra địa chất, tìm kiếm đánh giá khoáng sản, giảm nhẹ thiên tai, BVMT, sử dụng hợp lý tài nguyên địa chất, tạo luận cứ khoa học để xây dựng chiến lược, quy hoạch phát triển KT-XH của đất nước và vùng lãnh thổ