Nhằm tăng cường quản lý nguồn vốn đầu tư xây dựng cơ bản từ ngân sách nhà nước, nâng cao hiệu quả sử dụng vốn đầu tư công của Nhà nước, đồng thời góp phần thực hiện cải cách hành chính về qui trình nghiệp vụ kiểm soát chi, ngày 28 tháng 12 năm 2016, Kho Bạc Nhà nước đã ban hành quyết định số 5657/QĐ-KNNN kèm theo qui trình kiểm soát vốn đầu tư và vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư trong nước qua hệ thống Kho Bạc Nhà Nước.