Tác phẩm Thiền Tông Bản Hạnh có một vị trí đặc biệt trong lịch sử phát triển văn tự và văn học Nôm. Trong điều kiện đất nước trải qua nhiều biến cố thăng trầm, các tư liệu Nôm thời Lý - Trần mất mát phần lớn nhưng Thiền Tông Bản Hạnh hiện còn với hai bản in khác nhau là những cứ liệu quan trọng giúp chúng ta có cơ sở nghiên cứu, đánh giá tìm hiểu diện mạo, đặc trưng về ngôn ngữ, văn tự Nôm thời kỳ đầu. Đặc biệt về mặt kết cấu chữ Nôm, giữa bản 1745 và bản 1932 cũng có sự khác nhau rõ rệt, văn bản ra đời ở thời điểm nào sẽ mang dấu ấn của thời điểm đó. Chính vì vậy mà chữ Nôm trong mỗi bản in của tác phẩm Thiền Tông Bản Hạnh đều có đặc điểm và tính chất riêng phù hợp với thời đại ra đời của văn bản.