Vịnh Nha Trang có tính đa dạng sinh học khá cao, là nơi tập trung nhiều tiềm năng cho phát triển kinh tế cảng và giao thông biển, nuôi trồng và đánh bắt thủy sản
du lịch và kinh tế đảo. Hiện nay, mặt nước trong vịnh Nha Trang, đặc biệt trong vùng nhạy cảm bị khai thác quá mức, cùng với hàng loạt vấn đề bất cập về thể chế, cơ chế và khả năng tổ chức quản lý, giám sát
đầu tư cho bảo vệ phát triển nguồn lợi thủy sản...đang là những vấn đề đặt ra cấp thiết trong công tác quản lý vịnh hiện nay. Từ những khảo sát thực tế, tác giả đưa ra một số nhóm giải pháp nhằm nâng cao hiệu quả công tác khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản trong khu bảo tồn biển vịnh Nha Trang, bao gồm: nhóm giải pháp về quản lý khai thác thủy sản, nuôi trồng và các dịch vụ giải trí
nhóm giải pháp đối với những hoạt động tạo thu nhập, nâng cao đời sống cộng đồng
nhóm giải pháp nâng cao năng lực quản lý đối với các cơ quan hữu quan và nâng cao nhận thức của cộng đồng.