Hoạt động nuôi lồng biển đã dẫn đến những ảnh hưởng môi trường thể hiện theo 4 dạng bao gồm thay chất lượng nước, tác động lên nền đáy, ảnh hưởng đến sinh vật biển nói chung và ảnh hưởng do việc sử dụng hoát chất trong hoạt động sản xuất. Tỷ lệ phát thải chất dinh dưỡng tùy thuộc dạng thức ăn sử dụng, hệ số chuyển đổi thức ăn của đối tượng nuôi và chế độ cho ăn với tỷ lệ phát thải so với lượng cung cấp đầu vào lần lượt của Nitrogen (N) và Phosphorus (P) là 52-95 phần trăm (33-44kg/ tấn cá) và 34-82 phần trăm (1,8-4,9kg/ tấn cá) cả ở dạng dinh dưỡng hòa tan và dạng hạt. Tổng lượng phát thải hàng năm tùy thuộc quy mô và mức độ sản xuất. Tiếp cận theo quy mô hệ sinh thái, hệ thống quản lý được gọi là MOM (Modeling - Ongrowing fish farm - Monitoring) có thể được sử dụng để điều chỉnh tác động môi trường địa phương của các trại nuôi cá biển đối với sức tải (holding capacity) của các địa điểm. Sức chịu tải môi trường (Environment Carrying Capacity) có thể được xác định áp dụng phương pháp luận LOICZ (Land - Ocean Interaction in the Coastal Zone) đối với các thủy vực nuôi cá lồng bè ven biển.