Di chỉ khảo cổ học Mường Chiên được Viện khảo cổ học, Viện Hàn lâm Khoa học Xã hội Việt Nam phát hiện năm 1997 trong đợt điều tra khảo cổ học vùng lòng hồ thủy điện Sơn La. năm 2008, Viện Khảo cổ học và Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Sơn La tổ chức khai quật di rời di chỉ Mường Chiên khỏi lòng hồ thủy điện Sơn La. Dựa trên những cứ liệu khoa học từ di chỉ này, các nhà nghiên cứu đã xác định được các giai đoạn phát triển, tính chất và nội hàm văn hóa của di chỉ và bước đầu phát họa được con đường đá mới hóa ở vùng Tây bắc.