Các hang động karst ở Tràng An được hình thành và phát triển chủ yếu dưới chân các vách núi đá vôi thuộc hệ tầng Đồng Giao tuổi Trias giữa (T2a đg), hang thường có hai cửa thông nhau, đáy hang nằm dưới mực xâm thực địa phương, bị ngập nước quanh năm và bị phủ lớp trầm tích, chúng đóng vai trò như một kênh dẫn nỗi liền các thung lũng karst khép kín, trần hang thường thấp tính từ mặt gương nước. Hệ thống nhũ đá khá đa dạng về hình thái và kích thước, có giá trị thẩm mỹ, nhũ đá sạch vẫn đang tiếp tục hình thành và phát triển. Các hang động ở đây đóng vai trò quan trọng trong hoạt động khai thác du lịch sinh thái. Cần có định hướng khai thác, sử dụng hợp lý nguồn tài nguyên sinh thái này để hướng tới phát triển bền vững.