Do vị thế chính trị hạn hẹp, sự can dự của Đài Loan ở Tiểu vùng Sông Mê Kông bị giới hạn trong các lĩnh vực phi chính trị với trọng tâm là thương mại và đầu tư. Nhờ sự thúc đẩy từ ba làn sóng chính sách "hướng Nam", trao đổi thương mại và hoạt động đầu tư của Đài Loan với tiểu vùng đã tăng nhanh chóng đưa Đài Loan trở thành một đối tác kinh tế quan trọng của các quốc gia trong tiểu vùng. Tuy nhiên, cơ cấu trao đổi thương mại giữa các quốc gia trong tiểu vùng và Đài Loan lại mang đặc tính thương mại Bắc - Nam theo chiều dài rõ rệt, với hệ quả trước mắt là thâm hụt thương mại của tiểu vùng với Đài Loan có xu hướng gia tăng và kéo dài. Đầu tư của Đài Loan vào tiểu vùng cũng đang đươc tăng nhanh nhằm tận dụng nguồn nhân công giá rẻ hay các lợi thế về đất đai, tài nguyên, và tiếp cận thị trường.