Những tồn tại và thách thức hiện nay đối với khu thương mại tự do ASEAN chủ yếu xuất phát từ: nguyên tắc hoạt động, thể chế pháp lý, chênh lệch khoảng cách phát triển trong ASEAN, xu hướng "li tâm" trong liên kết kinh tế...Bài viết tập trung phân tích những tác động tiêu cực từ các vấn đề này và đề xuất các giải pháp tăng cường hiệu quả của AFTA.