Công tác QLNN vê KTTV, BDKH ở một số địa phương hiện nay vẫn chưa được chú trọng, nguồn nhân lực còn thiếu nên chưa được phát huy tốt nhiệm vụ HTQT. Đặc biệt chương trình về BDKH còn nhiều hạn chế. Cơ chế tài chính là hỗ trợ trực tiếp NSNN chưa thu hút được sự tham gia nhiệt tình của các bộ, ngành.