Hệ thực vật ở khu bảo tồn thiên nhiên Xuân Nha, tỉnh Sơn La khá đa dạng và phong phú. Kết quả ghi nhận được 1068 loài thuộc 487 chi và 159 họ thực vật, các họ có số loài nhiều nhất tại KBTTN như họ Thầu Dầu, họ Dé, họ Cúc, họ Đậu, họ Dâu tằm...