Sau khi Pháp lệnh Giống cây trồng được ủy ban thường vụ quốc hội ban hành năm 2004, nhiều văn bản quy phạm pháp luật đã được Chính phủ, Bộ chuyên ngành xây dựng nhằm hướng dẫn thi hành, đáp ứng yêu cầu quản lý nhà nước và tổ chức, triển khai thực hiện việc sản xuất, kinh doanh giống cây trồng. Tuy nhiên vẫn còn một số điểm bất cập, chưa tương thích trong hệ thống pháp luật như công bố chất lượng giống cây trồng, thanh tra giống cây trồng và công nhận giống cây trồng mới.