Quy hoạch thuỷ sản ở các cấp đã được xây dựng và có được những kết quả nhất định, thu hút được các dự án đầu tư. Tuy nhiên quy hoạch còn bị động do phụ thuộc liên ngành
quy hoạch theo ngành, lãnh thổ còn chậm
quy hoạch thuỷ sản chưa đáp ứng được theo nhu cầu. Nguyên nhân là do thiếu quy chuẩn quy phạm thống nhất về phát triển thuỷ sản, khâu con người còn bị coi nhẹ
áp dụng tiến bộ khoa học công nghệ còn yếu kém, thiếu sự phối hợp giữa trung ương với địa phương, không nhất quán với mục tiêu ban đầu đề ra, cơ chế chính sách còn bất cập. Cần hoàn chỉnh văn bản quy phạm pháp luật về quy hoạch thuỷ sản, ban hành định mức, đơn giá cho các dự án quy hoạch thuỷ sản, tăng cường năng lực cho cơ quan quy hoạch.