Chỉ số chất lượng nước được xây dựng bằng phương pháp Delphi, áp dụng để đánh giá chất lượng nước sông Đồng Nai. Giai đoạn 1998-2004, chất lượng nước ở khu vực TP Hồ Chí Minh có xu hướng giảm theo thời gian: ô nhiếm rất nhẹ đến nhẹ (chỉ số 5). Tại Bình Phước chất lượng giảm từ 7,68 xuống 6,49. Tại Hoá An chất lượng nước ổn định nhất, có giảm nhẹ theo thời gian.