Qua các năm thực hiện các biện pháp phòng chống, tình hình sốt rét tại Thừa Thiên-Huế nói chung và hai huyện trọng điểm Nam Đông, Phú Lộc nói riêng có chuyển biến tốt. Số người mắc sốt rét, sốt rét ác tính và tử vong giảm rõ rệt, dịch sốt rét được khống chế không xảy ra trong nhiều năm liền. Kết quả đạt được vượt các mục tiêu phòng chống sốt rét. Tuy vậy, địa phương đang phải đối mặt với những biến động làm cho tình hình sốt rét có thể quay trở lại. Theo kết quả điều tra năm 2001-2004, số bệnh nhân sốt rét ở hai huyện Nam Đông và Phú Lộc giảm dần theo các năm, năm 2003-2004 ở cả hai huyện đều không phát hiện được trẻ em dưới 5 tuổi và phụ nữ có thai mắc sốt rét
tuy nhiên bệnh nhân sốt rét ngoại lai đã giảm nhưng vẫn còn (năm 2004 sốt rét ngoại lai/tổng số BN sốt rét chiếm tỷ lệ 46,34% ở Nam Đông và 100% ở Phú Lộc) và sẽ ảnh hưởng đến sự ổn định tình hình. Để duy trì thành quả phòng chống sốt rét, địa phương đã xây dựng và phát triển các hoạt động về mặt tổ chức, chuyên môn kỹ thuật và xã hội nhằm tiếp tục khống chế bệnh trong cộng đồng.