Đưa ra sơ đồ công nghệ hợp lý để xử lý nước thải chế biến thủy sản phù hợp với hoàn cảnh kinh tế, xã hội, đặc thù sản xuất, điều kiện tự nhiên là cần thiết. Loại bỏ phần chất rắn để làm ra các sản phẩm phụ (thức ăn gia súc). Xử lý yếm khí chỉ nên xem là giai đoạn tiền xử lý mặc dù nó loại bỏ được 70-80% chất hữu cơ. Giai đoạn thiếu khí là dễ thải chất nitơ, xử lý thiếu khí trước hiếu khí tiết kiệm được giá thành vận hành.