Các hình thức ô nhiễm tác động đến rạn san hô gồm: ô nhiễm do bùn dòng chảy, ô nhiễm dầu, chất độc từ khai thác hải sản, nhiệt độ nước biển. Các rạn san hô ở vịnh Bắc Bộ chủ yếu là quanh các đảo xa các cửa sông lớn, là các rạn san hô trung bình và nghèo, hiện đang bị suy thoái do ô nhiễm.