Trong giai đoạn 1996-2001, Viện NC công nghệ quốc gia đã xác định cho mình nhiệm vụ chính là tập trung cao vào nghiên cứu ứng dụng các công nghệ mới, công nghệ cao, trước tiên là tiếp thu ứng dụng công nghệ hiện đại nhập ngoại, cải tiến và làm chủ công nghệ chính mà Viện đã lựa chọn là: công nghệ lade và quang điện tử
công nghệ mạch vi điện tử (ASIC) và các thiết bị chuyên dụng
công nghệ tin học ứng dụng
công nghệ vật liệu mới
vật liệu tổ hợp và quang học
công nghệ sinh học phục vụ nông nghiệp và bảo vệ môi trường.