Rạn san hô Cát Bà-Cô Tô có đến 188 loài, thuộc 51 họ, 101 giống. Cát Bà: 79 loài, Cô Tô - 133 loải (xếp sau rạn san hô Cồn Cỏ về số loài). Loài phân bố rộng đó là Cá Mú với 1-6 cá thể/250m2, Cá rô: 15-100 cá thể/250m2, cá bướm: 2-5 cá thể/250m2, cá Bàng Chài: 5-12 ct/250m2.