Việc áp dụng ISO 9000 đã đem lại những lợi ích thiết thực trong các cơ quan hành chính nhà nước, bước đầu thực hiện đã đem lại những kết quả đáng kể. Mặc dù vậy trong quá trình thực hiện, các đơn vị áp dụng cũng gặp một số khó khăn và tồn tại nhất định, đặc biệt là nhận thức và quyết tâm thực hiện của mọi người, việc sẵn sàng tiếp nhận những thay đổi trong tổ chức của mình.