Khu hệ tuyến trùng (Nematoda) sống tự do ở các sông Cầu, sông Đáy, sông Cấm và sông Nhuệ gồm 144 loài thuộc 51 họ của 9 bộ. Có 5 loài tuyến trùng có mặt ở tất cả các hệ sinh thái thủy vực của 4 sông là: Eucephalobus oxyuroides, Rhabdolaimus terrestric, Daptonema dihystera, Terschellingia elegans, Tylenchus sp. sông Cầu có số lượng loài tuyến trùng cũng như số lượng cá thể nhiều nhất với 85 loài, sông Đáy có 76 loài, sông Nhuệ có 52 loài và sông Cấm có 22 loài. ở sông Nhuệ, loài tuyến trùng Panagrolainus paetzoldi chiếm ưu thế và đây cũng là loài chỉ thị cho sự ô nhiễm của nguồn nước bởi các chất thải hữu cơ.