Hệ thống kiểm soát nội bộ hoạt động hữu hiệu và hiệu quả, sẽ góp phần cho các đơn vị hành chính sự nghiệp thực hiện đạt các mục tiêu của tổ chức, nâng cao được kết quả hoạt động. Tổ chức quốc tế các cơ quan kiểm toán tối cao đã ban hành hướng dẫn cho báo cáo về kiểm soát nội bộ hữu hiệu, dựa trên kinh nghiệm của các cơ quan kiểm toán tối cao các nước. Trong đó, nhấn mạnh những yếu tố quan trọng cần thực hiện để xây dựng cấu trúc kiểm soát nội bộ hiệu quả. Trên cơ sở đó, đưa ra các khuyến nghị để xây dựng cấu trúc kiểm soát nội bộ hiệu quả cho các đơn vị hành chính sự nghiệp ở Việt Nam.