Tại Việt Nam, về mặt pháp lý, kiểm toán hoạt động đã thừa nhận chính thức trong Luật Kiểm toán Nhà nước năm 2005. Năm 2007, nhận sự hỗ trợ chuyên môn từ dự án GTZ, Kiểm toán Nhà nước (SAV) đã tổ chức triển khai độc lập một cuộc kiểm toán hoạt động trong dự án bao gồm 15 chủ đề kiểm toán được xây dựng. Sau đó, nội dung kiểm toán hoạt động thuộc dự án này đã phải tạm dừng, đến năm 2007, SAV lần đầu tiên bổ sung thêm mục tiêu kiểm toán đánh giá tính kinh tế, tính hiệu quả và tính hữu hiệu trong các cuộc kiểm toán hàng năm. Theo Kế hoạch chiến lược đã đề ra ngay từ đầu, giai đoạn 2013-2017 sẽ liên tục triển khai loại hình kiểm toán này.