Trong gần một thập kỷ qua, từ chỗ toàn hệ thống giáo dục đại học Việt Nam nằm dưới sự quản lý của Nhà nước chặt chẽ về mọi mặt thông qua Bộ Giáo dục và Đào tạo, các trường đại học công lập đã dần được trao quyền tự chủ. Theo xu hướng này, thiết lập và duy trì hoạt động kiểm toán nội bộ được coi là một trong những ý tưởng đổi mới, trong cơ chế hoạt động của các cơ sở giáo dục đại học. Bài viết này, đưa ra một số thảo luận về những lợi ích cũng như những rào cản trong quá trình hoạt động của bộ phận kiểm toán nội bộ tai các trường đại học công lập theo cơ chế tự chủ tài chính, hướng tới mục tiêu tăng cường hiệu quả, hiệu năng của hoạt động quản lý tại các đơn vị này.