Tổng cục Hải quan đã thực hiện thí điểm khoán biên chế và kinh phí hoạt động theo Quyết định 159/2003/QĐ-TTg ngày 4/8/2003 của Thủ tướng Chính phủ và các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính. Sau hai năm thực hiện, cơ chế này đã trao quyền tự chủ và tự chịu trách nhiệm cho đơn vị, từ đó tạo điều kiện cho đơn vị chủ động sắp xếp lao động, quản lý tài chính, nâng cao chất lượng và hiệu quả công việc. Đặc biệt công tác khoán đã nâng cao ý thức tiết kiệm, chống lãng phí của các cán bộ ngành Hải quan cũng như giám sát chặt chẽ việc sử dụng chi tiêu kinh phí của đơn vị.